생물학 논문 관계성 분석 가이드_2

주의 사항

  • 본 프로젝트는 아래 가이드 숙지 후에 작업이 가능합니다.
  • 반려된 건에 대해 수정하지 않고 다시 제출하는 경우, 3 이상 반려를 당할 경우 작업 불가 대상이 될 수 있습니다.
  • 데이터 할당을 받기 위하여 대충 작업하고 반려받아 재작업하는 행위는 엄격히 금지됩니다. 발견 시 작업금지 회원이 될 수 있습니다.
  • 반려된 건에 대해 26시간 이내 재작업하지 않으면 작업물이 삭제됩니다.
  • 데이터 퀄리티가 낮다고 판단되는 경우, 예고없이 작업 불가 대상이 될 수 있습니다.

프로젝트 소개

생물학 논문 초록을 보고 Entity 간의 관계성을 판단하는 프로젝트 입니다. 

    1. Entity 확인 및 태깅 
    2. Entity간의 Relation 확인 및 태깅 
    3. 방향성 태깅

이 프로젝트는 인공지능 학습용으로  활용됩니다.

작업 방법

1. Subject Entity와 Object Entity
                                            

작업

기준

  • 빨간색 태깅값이 Subject Entity 입니다.
    해당 문장에서 빨간 태깅값이 Subject Entity가 맞으면 True
    틀리면 False, 모르겠으면 None 을 선택해주세요
  • 파란색 태깅값이 Object Entity 입니다.
    해당 문장에서 파란 태깅값이 Object Entity가 맞으면 True
    틀리면 False, 모르겠으면 None 을 선택해주세요
참고
  • CUI  : UMLS에서 제공하는 Concept Unique Identifiers (CUI)
  • perferred_name : 해당 Entity의 대표적인 공식 명칭 
  • 명확한 명칭 및 CUI는 아래 링크에서 확인 가능합니다. 
    https://ncim-stage.nci.nih.gov/ncimbrowser/

2. Direction

작업

기준

  • 보라색으로 표기된 부분이 Direction을 선택 부분입니다. 
  • Subject에서 Object로의 방향을 선택해주세요.
    관계가 없는 경우 None을 선택해주세요. 
  • Subject Entity 또는 Object Entity 둘중에 
    하나라도 None 인 경우에는 
    Direction 도 None을 선택해주세요. 
  • ex) 문장 : 타이레놀이 통증을 낫게한다.
    subject : 타이레놀 , Object : 통증
    방향성 : 타이레놀->통증 / 정방향 
속성
  • 정방향 : Subject -> Object 
  • 역방향 : Object -> Subject 
  • 양방향 : Subject <-> Object 
  • None : 관계 없음 

3. Relation

작업 기준
  • Relation을 선택하는 초록색 칸 입니다         
  • 보기를 보고 Subject Entity와 Object Entity의 Relation을 선택해주세요. 
  • 만약 보기중에 맞는 Relation이 없으면 두번째 사진을 봐주세요.
    (이미지 속 내용과 답은 틀린 답입니다. 예를 들기 위한 표기로만 봐주세요. )
    False를 선택 한 후, 생성되는 칸을 눌러 실제 Relation을 태깅해주세요.
    태깅하는 Relation은 노란색으로  표기됩니다. 
  • 다시 선택하려면 생성된 칸을 눌러주세요. 
  • 제일중요! 
    만약 Subject Entity 와 Object Entity 중에
    하나라도 False를 선택한 경우에는
    무조건 None을 선택해주세요
             
속성
  • Relation 보기 :
    해당 문장에서 Relation으로 미리 보여주는 보기
  • False :
    보기에 Relation이 없을 경우 선택.
    직접 Relation을 태깅
  •  None :
    Subject Entity 또는 Object Entity가 False로 선택된 경우 클릭

 

4. 예시

gene to gene 관계가 표현된 문장 중에서 3가지의 예시

예시 1

문장 In conclusion, our results indicate that VDR is regulated by p63 and p73 and that the induction of VDR expression upon DNA damage is p73-dependent.
subject [Genes & Molecular Sequences] CYP27B1 wt Allele (VDR)
Object [Genes & Molecular Sequences] CKAP4 gene
Relation regulates
Direction 역방향

예시2

문장 GSPT1 interacts with ASK1 and enhances ASK1-induced apoptotic activity through the activation of caspase-3.
subject [Genes & Molecular Sequences] GSPT1 gene (GSPT1)
Object [Genes & Molecular Sequences] MAP3K5 gene (ASK1)
Relation interacts
Direction 양방향

예시3

문장 The high expression of Edg4 and Edg7 protein in the placentas of patients with hypertensive disorder complicating pregnancy indicates that LPA combines with Edg4 and Edg7, inducing the occurrence of hypertensive disorder complicating pregnancy.
subject [Genes & Molecular Sequences] LPA gene (LPA)
Object [Genes & Molecular Sequences] LPAR2 gene (Edg4)
Relation interacts
Direction 양방향
Updated on 2020년 11월 20일

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